ガラクトオリゴ糖はオリゴ糖の一種で、小腸で消化吸収されにくい性質があり、大腸に到達してビフィズス菌の増殖を促進する「プレバイオティクス」の一つです。乳糖にガラクトースが結合して生成されますが、アレルギー症状が出現することがあります。

・小児4名 (5～8歳) と成人1名 (38歳) が、短鎖ガラクトオリゴ糖入りフォローアップミルクを40～250 mL摂取し、5～30分後にアナフィラキシー症状を呈したシンガポールでの報告
・牡蠣の養殖場で働く方において、カビ由来ラクターゼで生成されたガラクトオリゴ糖（6’-GOS）を含む乳酸菌飲料を飲んだ後にアレルギー症状を発症し、ホヤ喘息との関連性が指摘され、6’-GOS とホヤアレルゲンで共通した部分があるのではないかと考察されており、また細菌由来ラクターゼで生成されたガラクトオリゴ糖（4’-GOS）に関してもアレルギーが指摘されている
・ガラクトオリゴ糖製品により症状有無に違いがあり、アレルギー性が指摘される成分の量に違いがあった

アレルゲン性が高いのは２種類の4糖（〔Galβ1-4（Galβ1-4Galβ1-6）Glc〕（Galβ1-4Galβ1-4Galβ1-3Glc）との示唆もあります。