市販されているプロテイン飲料は牛乳由来の乳清（ホエイ）たんぱくが主成分であることが多く、ホエイたんぱくがアレルゲンである方において症状が出現することがあります。 
 
症例は14歳男児。生後6か月時にパン粥でアナフィラキシーを呈し牛乳アレルギーと診断された。他院で牛乳を用いた経口免疫療法を受け、2年前には牛乳100 mLの摂取が可能だったが、1年前より自己中断していた。パンやチーズは日常的に摂取していた。来院当日、下校途中に友人のすすめでホエイたんぱく質が主原料である乳飲料を初めて一口摂取した直後に咳嗽，息苦しさが出現しアナフィラキシーを呈した。来院後の検査で乳たんぱく質の一種であるホエイたんぱく質によるアレルギーの診断となった。本症例では乳含有加工品は摂取可能で、ホエイたんぱく質の抗原性を認識していなかったことが症状誘発の原因の一つであった。牛乳アレルギーで原因アレルゲンを明らかにすることは診断と治療において重要である（出典・参照：黒澤伊純, 濱口冴香, 宮川有雅里, 隈元麻里子, 小川えりか, 山本康仁　乳含有加工品摂取可能でホエイを乳と認識しておらずホエイプロテイン飲料でアナフィラキシーを呈した14歳男児の1例）。

ホエイプロテインにおいては、以下などの種類のものが流通しています。

・WPC（ホエイプロテインコンセントレート）
加工度：低　
タンパク質構造：ほぼ未加工
抗原性：高
ラベルでの表記：WPC、コンセントレート”
 
・WPI（ホエイプロテインアイソレート）
加工度：中
タンパク質構造：脱脂・ろ過で精製
抗原性：中〜やや低
ラベルでの表記：WPI、アイソレート
 
・WPH（加水分解ホエイ）
加工度：高
タンパク質構造：ペプチド化（分解済み）
抗原性：低
ラベルでの表記：WPH、加水分解、ハイドロリゼート

抗原性に違いがあり、抗原性が比較的低い製品も存在しています。抗原性が比較的低い製品においても症状出現しないとは限らず、流通量が多いのはWPC（ホエイプロテインコンセントレート）になりますので、ご留意ください。