ズッキーニはキュウリ、ゴーヤ、冬瓜、ハヤトウリ、ヘチマ、カボチャ、スイカ、メロンと同じくウリ科の植物になり、キク科ブタクサ花粉との交差反応性、またイネ科植物花粉との交差反応の可能性があるとみられています。
キュウリのアレルゲンの1つに、食物、植物、花粉間など広範囲に交差抗原性を示すプロフィリンの Cuc s 2が考えられていますが、ズッキーニにおいてもプロフィリンがアレルゲンの1つである可能性が示唆されています。

ズッキーニを摂食して症状出現した例としては、46歳男性にて調理したズッキーニを摂食して数分後に血管浮腫を伴う蕁麻疹、胃痛が出現した報告や、口腔アレルギー症候群（OAS）、悪心、下痢、そう痒などの症状が出現した海外での報告など、報告数は多くはありませんが見られています。
プロフィリンは比較的熱や消化に安定したアレルゲンで、加熱調理されたズッキーニに対してもアレルギー症状が出現する場合がありますのでご留意ください。

かぼちゃによるアレルギー
https://www.kumitasu.com/contents/hyoji/3825